RNA pull down

RNA pull down是体外条件下寻找目标RNA的结合蛋白的方法。RNA结合蛋白（RNA binding protein, RBP）是一类功能强大而广泛的调节因子，约占细胞编码的所有蛋白的5%~10%。目前除了少数RNA以核酶形式单独发挥功能，大部分RNA通过与蛋白结合形成RNA-蛋白复合物来发挥作用。

一方面，RBP参与RNA合成、可变剪接、修饰、转运、翻译及胞内定位等多个转录后调控过程，调控mRNA稳定性、lncRNA活性、miRNA沉默复合体形成等生物学过程；另一方面，RNA也会调节这些蛋白质的活性、定位或与其他蛋白质相互作用，从而影响RBP介导的各种细胞事件。RNA与蛋白质的相互作用对于维持细胞稳态是非常重要的，干扰这种相互作用将会导致细胞功能失调和相关疾病的发生。  目前研究RNA-蛋白质相互作用的方法分为两大类：一是以感兴趣的RNA为中心，寻找与该RNA结合的蛋白质；二是以感兴趣的蛋白质为中心，寻找与该蛋白质结合的RNA。RNA pull down属于前者，通过体外转录的方式将感兴趣的RNA带上标签，通过该标签使RNA结合到树脂支持物上，再加入样本蛋白质与RNA结合，洗涤、洗脱得到与目标RNA结合的蛋白质。

技术原理

RNA pull-down是检测RNA结合蛋白与其靶RNA之间相互作用的主要实验手段之一。使用体外转录法标记生物素RNA探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过western blot实验检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用。质谱实验检测特定的RNA结合蛋白鉴定蛋白质类型。

应用场景

1.癌症肿瘤相关调控机制研究

LncRNA发挥功能的方式很广，可以与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与多种生物学过程的调控，主要包括基因组表观遗传修饰、调控转录翻译、发挥ceRNA、增强子RNA作用等，从而对细胞增值、分化、迁移、凋亡、免疫等发挥调控作用。

lncRNA能够通过对肿瘤细胞糖代谢、谷氨酰胺代谢和脂类代谢途径中的关键环节进行调节，导致肿瘤细胞对葡萄糖摄取增加，谷氨酰胺分解增强以及脱质生成增加，从而促进肿瘤的发生和发展。目前，大多数lncRNA在肿瘤细胞能量代谢中的功能和调控机制尚不完全清楚，进一步认识和了解细胞中与lncRNA相关的能量代谢异常表现出的恶性生物学行为，将有助于为肿瘤的诊断和治疗提供有效的证据以及新的思路和途径。

环状RNA是近来研究很热门的一种特殊的长链非编码RNA。研究发展，circRNA在人体细胞中广泛表达，在转录后水平具有调控基因表达的重要功能，并且参与多种肿瘤和其他疾病的病理发展过程。

circRNA大多数是由外显子序列组成。呈闭合环状结构，性质稳定，高度保守，通过微小RNA“海绵”作用调控靶基因表达，与肿瘤的发生、发展有关。这些特性使circRNA有潜力成为肿瘤新型分子诊断标志物。通过竞争性与肿瘤相关的微小RNA的结合，可以开发针对circRNA分子的靶点的靶向治疗。因为circRNA在肿瘤转化医学的研究中意义更大。 

2.多种人类疾病研究

RBPs在转录后水平参与调控mRNA稳定性，LncRNA活性、应激、肿瘤发生发展、细胞凋亡等众多生物学过程，且与诸多人类疾病密切相关。因此，对RBPs–RNA相互作用网络的研究和鉴定意义。但由于RBPs作用方式复杂，功能多样性，作用空间位置多样化等原因，对其开展精确的研究一直是一个重大挑战。RNA领域，尤其是非编码RNA研究的快速发展，催生了多种RBPs–RNAs互相作用鉴定技术。

技术要点

1.制备探针；

2.构建RNA-固相复合体；

3.细胞裂解液准备；

4.孵育与捕获；

5.洗脱与检测。

服务流程

产品优势

1.多年服务经验，服务客户众多；

2.对蛋白互作的筛选鉴定理解深刻，擅长针对客户具体情况提出合适的方案建议；

3.自有分子及细胞生物实验平台，能有效制定并执行最优的实验路线；

4.自有蛋白质组学平台，对微量CoIP实验产物的质谱鉴定有丰富经验。

代表结果展示

(He et al., 2020, Oncogene)